| mod ID | m6A_site_842336 | mod Site | chr9:129626470-129626471:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CCAAGAGGTCTACGGGCCGGACCTGGGCAGGGACTACGGAG |
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| Motif Score | 3.62240476190476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.(((((....(((.......)))..))))). |
MFE | -10.10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 4 | Support sub-Dataset Num | 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739534, GSM2987447, GSM3083805, GSM3083809, GSM3083810, GSM2754216 |
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| Cell/Tissue List | HeLa, HepG2, iSLK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000372480.1,ENST00000459968.6,ENST00000611055.4,ENST00000372481.7,ENST00000613644.4,ENST00000481189.1,ENST00000482347.1,ENST00000372483.8,ENST00000617943.4,ENST00000372486.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_331232 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
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