| mod ID | m6A_site_845032 | mod Site | chr9:132905857-132905858:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
CGGGAGACAGGGAATGCCAGACTTCTTTGGAGACCAGTATC |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.31938095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
..(((((((........)))))))....... |
MFE | -5.00 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 11 | Support sub-Dataset Num | 42 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739507, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM3396437, GSM3396438, GSM928399, GSM928401, GSM908337, GSM1135020, GSM1135021, GSM1135032, GSM1135033, GSM1339425, GSM1339429, GSM1594131, GSM2010454, GSM2203047, GSM2203060, GSM2417477, GSM2417478, GSM2417479, GSM2460345, GSM2460347, GSM2460348, GSM2460350, GSM2460354, GSM2460356, GSM2460358, GSM2460360, GSM2754211, GSM2754213, GSM2754214, GSM2754216, GSM2754222, GSM2754226, GSM2754235, GSM2754238, GSM2754244, GSM2754246 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HEK293T, HepG2, A549, GM12878, MM6, Huh7, HEK293A-TOA, iSLK, MSC, TIME, TREX |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000642617.1,ENST00000646391.1,ENST00000647534.1,ENST00000646625.1,ENST00000644097.1,ENST00000643583.1,ENST00000642811.1,ENST00000642627.1,ENST00000644184.1,ENST00000298552.8,ENST00000647506.1,ENST00000440111.6,ENST00000643275.1,ENST00000644319.1,ENST00000647262.1,ENST00000645901.1,ENST00000643072.1,ENST00000545250.5,ENST00000644255.1,ENST00000644882.1,ENST00000643875.1,ENST00000647279.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_329406;rn6:m6A_site_63200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1