| mod ID | m6A_site_849036 | mod Site | chr9:137164436-137164437:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
GCAGCCACGGCCCACCTGGGACAGGGTGGGCAGTGGGCCTG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
(((.((((((((......)))))))).))). |
MFE | -20.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 9 | Support sub-Dataset Num | 20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739506, GSM2739507, GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991403, GSM3083805, GSM3083806, GSM3396437, GSM3582046, GSM3582047, GSM3582049, GSM908337, GSM1135021, GSM1135033, GSM2324292, GSM2417478, GSM2417479, GSM2464911 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, HEK293T, HepG2, peripheral-blood, HEK293A-TOA, endometrial |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000350902.9,ENST00000371550.8,ENST00000371546.8,ENST00000471122.5,ENST00000371560.4,ENST00000371555.8,ENST00000371553.7,ENST00000371561.8,ENST00000371559.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1