| mod ID | m6A_site_875278 | mod Site | chrX:147945016-147945017:+ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
CGTGGAGGGGGAGGAAGAGGACAAGGAGGAAGAGGACGTGG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.64304761904762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
............................... |
MFE | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 14 | Support sub-Dataset Num | 54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739507, GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2884199, GSM2987449, GSE129842, GSM1166139, GSM1166140, GSM1166141, GSM1166143, GSM1272364, GSM1339393, GSM1339401, GSM1339403, GSM1339405, GSM1339425, GSM1339427, GSM1339439, GSM1723347, GSM1723351, GSM1908208, GSM1908210, GSM1908212, GSM1982257, GSM1982263, GSM2203044, GSM2203047, GSM2203051, GSM2203052, GSM2203056, GSM2203059, GSM2203060, GSM2203063, GSM2203064, GSM2283210, GSM2283211, GSM2283212, GSM2283213, GSM2283214, GSM2283215, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464915, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464927 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, CD34, HepG2, hESC-HEK293T, U2OS, H1B, hNPCs, fibroblasts, A549, LCLs, MT4, H1299, Huh7, Jurkat, CD4T, peripheral-blood, endometrial, HEC-1-A |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MAZTER-seq,MeRIP-seq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000620828.4,ENST00000621453.4,ENST00000478848.1,ENST00000440235.6,ENST00000370475.8,ENST00000439526.6,ENST00000463120.2,rmsk_3160119,ENST00000370470.5,ENST00000370471.7,ENST00000370477.5,ENST00000616382.4,ENST00000218200.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_660640;panTro5:m6A_site_67437;rheMac8:m6A_site_60756;susScr11:m6A_site_145111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1