| mod ID | m6A_site_877597 | mod Site | chrX:154348927-154348928:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| mod Type | m6A | Sequence |
CGTGTCCTACCTGCTCAAGGACAAGGGGGAGTACACACTGG |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motif Score | 3.64304761904762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.((.(((.((........)).)))))..... |
MFE | -5.30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 18 | Support sub-Dataset Num | 49 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2739502, GSM2739503, GSM2739507, GSM2739522, GSM2739523, GSM2739534, GSM2739535, GSM2991399, GSM2991400, GSM2884195, GSM2884199, GSM2987447, GSM2987448, GSE125240, GSE129842, GSM908329, GSM908331, GSM1135020, GSM1135021, GSM1828596, GSM1908210, GSM1982257, GSM2010454, GSM2010456, GSM2203047, GSM2203056, GSM2324292, GSM2324298, GSM2324308, GSM2324310, GSM2332986, GSM2332989, GSM2332990, GSM2417478, GSM2417479, GSM2464905, GSM2464907, GSM2464909, GSM2464911, GSM2464913, GSM2464915, GSM2464917, GSM2464919, GSM2464921, GSM2464923, GSM2464927, GSM2464931, GSM2564019, GSM2602070 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List |
HeLa, CD34, HepG2, HEK293, kidney, hESC-HEK293T, A549, MT4, MM6, Huh7, peripheral-blood, HEK293A-TOA, endometrial, HEC-1-A, NB4, AML |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,m6A-REF-seq,MAZTER-seq,m6A-CLIP/IP,MeRIP-seq,miCLIP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000369850.9,ENST00000360319.9,ENST00000490936.5,ENST00000498411.1,ENST00000420627.5,ENST00000422373.5,ENST00000462590.1,ENST00000610817.4,ENST00000369856.8,ENST00000498491.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Conserved Sites | mm10:m6A_site_662075;susScr11:m6A_site_145449 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1