| mod ID | m6A_site_87958 | mod Site | chr1:243225299-243225300:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
ATGACGTAGCTTTGCCAAAGACTTAGAAGCTAAGCAGAAAA |
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| Motif Score | 3.31938095238095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.(((((((............))))))).... |
MFE | -5.60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 1 | Support sub-Dataset Num | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | GSE93676 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | GSM2754214, GSM2754216 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | iSLK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | MeRIP-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000366542.6,ENST00000522191.5,ENST00000523424.5,ENST00000523581.1,ENST00000522995.1,ENST00000522522.5,ENST00000366544.5,ENST00000366543.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | susScr11:m6A_site_12593 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29109479 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1