| mod ID | m6A_site_97191 | mod Site | chr10:31807573-31807574:- | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | m6A | Sequence |
CAATGTATTTTATTTTTTGGACCAAGCAGTGACTCTTTGAT |
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| Motif Score | 3.62240476190476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
....(((((.((((...)))).))))).... |
MFE | -0.80 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 6 | Support sub-Dataset Num | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSM2991416, GSM3396437, GSM3396438, GSM1339425, GSM1339439, GSM1828596, GSM2203063, GSM2460354 |
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| Cell/Tissue List | HeLa, HEK293T, A549, Huh7, MSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | m6A-seq,MeRIP-seq,m6A-CLIP/IP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000492028.5,ENST00000396144.8,ENST00000311380.8,ENST00000497085.1,ENST00000493008.1,ENST00000375245.8,ENST00000375250.9,ENST00000344936.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | mm10:m6A_site_281172;panTro5:m6A_site_8246;rn6:m6A_site_43803;susScr11:m6A_site_14181 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1