| mod ID | Nm_site_2496 | mod Site | chr17:45952038-45952039:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | Gm | Sequence |
CTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTATTTTCCTGTC |
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| Motif Score | noScore | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.((((....)))).................. |
MFE | -5.60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 4 | Support sub-Dataset Num | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List |
GSE104947, Modomics, snOPY, snoRNABase |
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| Cell/Tissue List | NA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | RiboMeth-seq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000262410.9,ENST00000446361.7,ENST00000571311.5,ENST00000340799.9,ENST00000570299.5,ENST00000344290.9,rmsk_4703630,ENST00000535772.5,ENST00000351559.9,ENST00000334239.12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 1 | snoRNA Guide Site | U2:25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail |
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| writer Num | 3 | Writer Name List | FBL,NOP56,NOP58 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail |
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| PubMed ID |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
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© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1