| mod ID | Pseudo_site_2205 | mod Site | chr17:45952028-45952029:+ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| mod Type | Y | Sequence |
CTGTGTATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTA |
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| Motif Score | noScore | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RNA Structure Motif |
.......(((.((((....)))).))).... |
MFE | -8.20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset Num | 2 | Support sub-Dataset Num | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support Dataset List | Modomics, snoRNABase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Support sub-Dataset List | Modomics, snoRNABase | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cell/Tissue List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seq Type List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript ID List | ENST00000446361.7,ENST00000334239.12,ENST00000535772.5,rmsk_4703630,ENST00000344290.9,ENST00000262410.9,ENST00000571311.5,ENST00000570299.5,ENST00000340799.9,ENST00000351559.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Transcript Detail |
|
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| Conserved Sites | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Num | 0 | snoRNA Guide Site | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| snoRNA Guide Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| writer Num | 0 | Writer Name List | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Writer Catalysis Detail | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PubMed ID | 29106616, 16381836 |
♥ There is a specific explanation when the mouse hover the logo in the upper right corner of each entry.
♥ The "modID" is unique ID among all modules and can be used to retrieve in all files of the RMBase v3.0 for more information.
♥ The "Motif score" is alignment score to evaluate the accuracy of identified motif regions of m6A. The higher of motif score means a more accurate motif and a more reliable modification site. The range is from 0 to 5.
♥ In "Transcript Detail", the "Gene Type" is gene biotypes including protein-coding genes (mRNAs), tRNAs, rRNAs, Mt-tRNAs, lincRNAs, pseudogenes etc.; While the "Region" is gene features including CDS, 3′-UTR, 5′-UTR, intron, exon and intergenic.
♥ Click the "Show Detail" button to show detailed list and click again to hide it.
© 2023, Qu Lab.
School of Life Science,
Sun Yat-sen University, China.
Guangdong ICP 2022122093 -1